Une grotte est une cavité souterraine naturelle comportant au moins une partie horizontale accessible. Elle peut se former dans des structures minérales solubles par l'eau, principalement les roches carbonatées ainsi que le gypse et l'anhydrite, voire le sel gemme, le grès et le quartzite, le gneiss et le granite, le basalte et certains conglomérats. Elle est qualifiée d’active si l'infiltration des eaux s'y poursuit, contribuant ainsi à la transformation de la cavité par creusement, dépôts de sédiments et formations de spéléothème. Certaines grottes reliées à un réseau hydrogéologique dynamique peuvent comporter un lac souterrain.
Les grottes peuvent être artificielles, c'est-à-dire créées par l'homme, ou bien naturelles. En France, certaines grottes naturelles sont très célèbres de par leur histoire (grotte de Lourdes), par les peintures rupestres qu'elles renferment (grotte Chauvet ou grotte de Lascaux) ou encore par leur essence même (grotte de glace de Chamonix). L'étude de la faune et de la flore cavernicoles est l'objet de la biospéologie. Elle porte sur des espèces troglobies vivant exclusivement en cavités souterraines, troglophiles, n'y passant qu'une partie de leur vie, et trogloxènes, dont la présence y est occasionnelle. Concernant les animaux à sang chaud, les espèces volantes (
chauve-souris,
oiseaux) les ont plus facilement colonisées.